sdmTMB 带有TMB的时空GLMM sdmTMB是一个R包，它使用模板模型构建器（ ）， 和高斯马尔可夫随机字段来实现空间和时空的预测过程GLMM（广义线性混合效应模型）。 一种常见的应用是物种分布模型（SDM）。 安装 假设您已安装，则可以安装sdmTMB： # install.packages("remotes") install.packages( " Matrix " , type = " source " ) remotes :: install_github( " kaskr/adcomp/TMB " ) remotes :: install_github( " pbs-assess/sdmTMB " ) 功能性 sdmTMB： 将具有空间，时空，空间和时空或AR1时空高斯马尔可夫随机字段的MMMM与TMB拟合。 它也可以适应随时间变化的局部变化趋势，作为一个随机

火山3D volcano3D软件包可用于探索三组之间差异表达的探针。 其主要目的是在三维火山图中可视化差异表达的基因。 这些图可以使用图转换为交互式可视化。 该插图探讨了PEAC类风湿关节炎试验（早期关节炎队列的病理生物学）中的案例研究。 该方法已经发表在 和可在获得的交互式Web工具。 该工具可作为可搜索界面，以检查各个滑膜和血液基因转录水平与组织学，临床和放射学参数以及6个月时的临床React之间的关系。 交互式界面允许探索基因模块分析中模块与临床参数之间的关系。 PEAC交互式Web工具正在作为创建，并使用服务器部署到Web。 也有补充说明，以获取有关以下方面的更多信息： 入门 先决条件 从CRAN安装 install.packages("volcano3D") 从Github安装 library(devtools) install_github("KatrionaG

公平性：衡量R中的算法公平性 套餐概述 fairness R包提供了用于计算不同敏感组之间算法公平性度量的工具。 基于二元分类任务中的模型预测来计算度量。 该软件包还提供了机会来可视化和比较敏感群体之间的其他预测指标。 该软件包包含用于计算常用的公平机器学习指标的函数，例如： 人口平价 比例平价 均等赔率 预测汇率平价 此外，还实现了以下指标： 误报率平价 假负利率平价 精度平价 负预测价值平价 特异性均等 ROC AUC比较 MCC比较 提供了有关使用该软件包的全面教程。 我们建议您阅读本教程，因为与本自述文件相比，本教程包含对公平性软件包的更深入的描述。 您还会在公平找到一个简短的教程： vignette( ' fairness ' ) 安装 您可以通过运行以下命令从安装最新的稳定软件包版本： install.packages( ' fairness ' ) library(

用于FRAGSTATS景观格局指数分析的R包，用于FRAGSTATS景观格局指数分析的R包

电脑 mcmcr是一个R包，用于处理蒙特卡洛马尔可夫链（MCMC）样本（Brooks等人，2011）。 安装 要从安装最新版本 install.packages( " mcmcr " ) 从安装开发版本 # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " poissonconsulting/mcmcr " ) 介绍 为了便于讨论，MCMC样本表示来自单个链的单个迭代的项的值。 尽管简单的参数（例如截距）对应于单个项，但更复杂的参数（例如两个因子之间的相互作用）则由具有其固有维数的多个项组成-在这种情况下为矩阵。 一组MCMC样本可以以不同的方式存储。 现有课程 三种最常见的S3类存储MCMC示例，如下所示： coda::mcmc将来自单个链的MCMC样本存储为矩阵，其中每一行代表一个迭代，每一列代表一个变量 coda:

增长曲线 Growthcurver是一个R包，可将生长曲线数据与生态和进化中常见的逻辑方程的标准形式拟合，其参数（增长率，初始种群大小和承载力）可提供有意义的种群级信息，并且简单明了生物学解释。 您可以使用以下命令从R中安装CRAN的最新发行版： install.packages( " growthcurver " ) 您可以使用以下命令从github安装最新的开发版本 # install devtools first if you don't already have the package install.packages( " devtools " ) # then install growthcurver devtools :: install_github( " sprouffske/growthcurver " ) 描述Growthcurver的论文可。 使用成长曲线

PCA分析，环境生物多样性与环境因子相互联系的主成分分析，数据格式与源代码

Poppr版本2 什么是poppr ？ Poppr是一个R软件包，用于分析具有性和克隆繁殖混合模式的人群。 它围绕genind和genlight对象的框架构建，并提供以下实现： 在层次结构的多个级别中的任何一个级别上对人口进行克隆检查 方便的多基因座基因型计数和具有多个层次结构的种群子集 定义多基因座基因型 基因型多样性，均匀性，丰富性和稀疏性指标的计算 引导距离支持遗传距离的树状图的绘制 遗传距离的最小跨度网络图 关联指数的计算（ ） 或者 （ ） 已安装R（≥2.15.1）的任何服务器上的批处理 微卫星（SSR）标记的Bruvo距离的计算（以C表示为速度） 从导入数据并导出到 2.0版的新功能： 基因组SNP数据处理 自定义多基因座基因型定义 通过遗传距离折叠多基因座谱系 计算网状最小跨度网络 计算跨snps的滑动窗口中的关联索引 MLG多样性统计的自举 和更多！ 有关完整

盖西 用于基因组富集分析的R包

MetaboAnalystR 3.0：迈向全球代谢组学的优化工作流程 描述 MetaboAnalystR 3.0包含流行的MetaboAnalyst Web服务器基础的R函数和库，包括代谢组学数据分析，可视化和功能解释。 该软件包与MetaboAnalyst Web服务器同步。 安装和加载软件包后，用户将能够使用从MetaboAnalyst网站下载的相应R命令历史记录从本地计算机上复制相同的结果，从而获得最大的灵活性和可重复性。 3.0版旨在通过实施用于峰选择的快速参数优化算法，并从12种完善的方法中自动识别最适合批效应校正的方法，来改善当前的全局代谢组学工作流程。 此外，添加了更多对通过mummichog2（m / z）峰直接从m / z峰进行功能性解释的支持（PMID：23861661），以及添加了基于路径的集成多组学数据的新方法。 为了演示此新功能，我们提供了“ MetaboAna