EMMCKmer
Ëpigenetic中号etagenomic中号OTIFÇharacterization由k聚体分析
概述
该工具比较基因组中每个现有 kmer 的 NATIVE 和 WGA 数据之间的 IPD 分布(使用对数似然比),然后使用迭代贪婪程序来识别重要的基序。 此工具的输出是经过显着修改的 kmers 列表。
##Running 要运行代码,只需键入:
sh EMMCkmer.sh [wga.cmp.h5] [nat.cmp.h5] [sample id] [fasta file] [output directory]
输入
这个包装器脚本将 NATIVE 和 WGA 数据的 cmp.h5 文件、SAMPLE 名称、参考基因组的 FASTA 文件和 OUTPUT 目录作为输入。
安装/要求
如果您满足以下要求,则不需要安装任何东西:
PacBio 分发的 SMRT
2022-08-10 16:13:05
16KB
Python
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